发酵设备内壁的污渍是无机化合物和有机化合物的混合物质，难以用单一的清洁剂清理。假如发酵设备只应用无水氯化铝开展清理，则只有除去有机化合物。仅有当清理溫度做到80℃以上时，才可以有更快的冲洗实际效果；清理时，应用单磷酸盐清理，对有机物化学物质有一定的功效，对有机化合物几乎失效。因而，发酵设备的清理必须偏碱清洁液和酸碱性清洁液。发酵设备在消毒杀菌前先清理整洁。罐里的污渍被完全清理是合理的消毒杀菌。
当代酒厂选用的一般清理办法是原点清理leaninginplace，通称CIP)，即在封闭式标准下，不拆装机器设备的构件或管材，清理和杀菌设备和管路。像发酵设备那样的大器皿不能用充斥着清洁液的方法清理。发酵设备的原点清理是根据清洗器循环系统开展的。清洗器有三种种类:固定不动洗球和转动喷出。清洁液根据清洗器喷出到罐身体内表层，随后清洁液沿罐内往下流动性。一般来说，清洁液会生成一层粘附在罐内壁的塑料薄膜。这类机械设备实际效果不大，清理实际效果关键靠清洁剂的有机化学实际效果来完成。
固定不动球型清洗器的功效的半径为2m。针对立式发酵设备，务必安裝好几个清洗器。清洗液在清洗器喷头出入口的工作压力应是0.2~0.3MPa；针对立柱式发酵设备和清洗泵出口处的压力测量点，不但要考虑到管路摩擦阻力导致的的压力损害，还需要考虑到相对高度对清理工作压力的危害。当工作压力过低时，洗洁剂的功效的半径小，总流量不够，喷出的清洁液不可以遮盖罐内；当工作压力过高时，清洁液会产生雾，不可以沿罐内流动性，或喷出的清洁液会被罐内反跳，减少清理实际效果。
当清洗机械脏，罐直徑大（D>2m）时，一般选用转动喷出清洗器，根据提升清洗器出入口工作压力（0.3~0.7mpa），提升清洗的半径，提高洗涤设备实际效果，提升水垢清洗实际效果。与球型清洗器对比，转动喷出清洗器可以应用较低的清洁液总流量。当清理物质根据时，清洗器运用液体的反作用力转动、清洗和气体更替开展，进而提升清理实际效果。
清洁液总流量估计前已提及，发酵设备清理时必须有一定的清理抗压强度和总流量。为了确保液体层的充足薄厚，产生持续中合，务必留意高压清洗泵的总流量。